Durante seu governo, Lincoln enfrenta uma forte crise separatista, já que os estados do Sul desejam a separação dos estados do Norte.
Desde a posse em 1861, o discurso abolicionista de Lincoln não agradou os dirigentes políticos do Sul, que um mês após a posse do novo presidente apresentaram as ideias separatistas e a formação dos Estados Confederados da América
A Guerra Civil Norte Americana, também chamada de Guerra de Secessão, teve início por questões ligadas à escravidão e às atividades comerciais desenvolvidas no norte e sul dos Estados Unidos.
O clima do Norte é frio, o solo rochoso e as condições climáticas não propícias à agricultura. Diante desses fatores naturais, desenvolveram-se nos estados do norte as atividades comerciais. Nos estados do Sul, com o clima e solo propícios, desenvolveram-se as atividades agrícolas, no sistema plantation.
Com o desenvolvimento das duas regiões e, consequentemente, das duas práticas comerciais distintas, os interesses da classe econômica também se definiram de maneira diferente.
Os estados do Norte adotaram políticas cada vez mais protecionistas, enquanto que os estados sulistas defendiam a escravidão. Em 1861, diante das distinções das duas regiões, os 11 estados do Sul formam os Estados Confederados da América, em uma tentativa de separação dos estados do Norte.
O não reconhecimento dos Estados Confederados levou os estados do Norte e os do Sul a entrarem em guerra.
Os exércitos do Norte, fortemente armados, venceram grande parte das batalhas e colocaram fim às ideias separatistas. Em meio à guerra, foi declarada a abolição da escravatura e o modelo industrial e comercial tornou-se dominante em todo o país.