El Greco nasceu em 1541, em Creta. Descendente de uma próspera família urbana, seu pai era Geórgios Theotokópoulos, um importante comerciante e cobrador de impostos.
Não se sabe sobre sua mãe ou de sua primeira esposa, embora se saiba que ambas foram gregas. O irmão de El Greco, Manoússos Theotokópoulos, era comerciante assim como seu pai e viveu com o pintor no final de sua vida.
El Greco recebeu treinamento como pintor de imagens religiosas na Escola Cretense, o mais importante centro de arte pós-bizantina.
Em 1560, El Greco muda-se para Veneza. Embora se tenha poucos registros sobre sua produção nessa época, sabe-se que foi aprendiz do mestre Ticiano e conviveu com outros artistas e intelectuais.
Nessa fase, elementos do Maneirismo começaram a aparecer em sua obra, embora somente mais tarde se acentuaram.
Dez anos depois de sua chegada em Veneza, muda-se para Roma. Ali, El Greco conheceu Michelangelo e aperfeiçoou suas técnicas de pintura de figuras humanas.
Em 1578, El Greco vai para a Espanha, e se instala em Toledo, onde viveu até sua morte em 1614. Ali conhece Jerónima de Las Cuevas com quem teve um filho, Jorge Manuel que nasceu em 1578 e foi seu pupilo e seguidor.
Não se sabe ao certo se a união entre El Greco e Las Cuevas foi oficializada. E esse é um dado importante sobre a biografia do autor: como restam poucos documentos sobre ele, pesquisadores e intérpretes de suas obras foram aos poucos reunindo materiais de acordo com estudos de suas telas.