A obra Mensagem é estruturalmente dividida em três seções: Brasão, Mar Português e O Encoberto.
Parte I: Brasão
Na primeira parte de Mensagem, Brasão, os poemas tratam das personagens míticas e históricas da origem, fundação e constituição de Portugal. Figuras como a de Ulisses (presente na Ilíada e na Odisseia que teria fundado Lisboa), Viriato, d. Henrique, d. Afonso I, entre outros nobres e monarcas que fazem parte da história estão presentes no enredo.
Os poemas da primeira parte foram edificados tendo como referência o Brasão de Armas de Portugal e é a partir dessa figura que o poeta recria a história portuguesa.
- Os dois poemas de abertura representam os campos – onde estão situados os castelos (campo externo) e os escudos ou quinas (campo central) do brasão.
- Os sete castelos do campo externo se versificam em oito poemas (o sétimo castelo recebe dois poemas), referindo-se desde as origens míticas com Ulisses até d. Filipa de Lencastre, mãe de d. Duarte, e de outras personagens que fazem parte do desenvolvimento das navegações.
- A geração nascida de d. Filipa e d. João I aparece nos quatro dos cinco poemas que fazem referência às quinas do campo central, dedicados à expansão marítima, e o quinto poema faz referência a d. Sebastião, rei que se perdeu na Batalha de Alcácer-Quibir contra os marroquinos, evento que marca o declínio do império português.
- Um poema correspondente à coroa é atribuído ao chefe militar Nunálvares Pereira e três, dedicados a personagens centrais das navegações, encerram a primeira parte representando o timbre.
Parte II: Mar Português
Há na segunda parte da obra, Mar Português, uma diferença entre a primeira e a terceira, já que nesta os 12 poemas não são divididos. O autor traz o momento da expansão marítima, tempo do apogeu do império Português, refazendo a cronologia das navegações e de suas conquistas ao decorrer do tempo. Personagens importantes também aparecem aqui, como é o caso de Vasco da Gama. Nessa seção também se encontra o poema mais conhecido de Mensagem: Mar Português.
A glória de Portugal é contada até Ascensão de Vasco da Gama, para encontrar seu momento de decadência com Mar Português. Em A Última Nau é remetida a da queda de d. Sebastião e Prece é uma oração pedindo a Deus novas conquistas a Portugal.
Parte III: O Encoberto
Na terceira parte da obra, o autor dá enfoque aos mitos do sebastianismo e do Quinto império nas três seções: Os símbolos, Os Avisos e Os Tempos. O mito do retorno de d. Sebastião faz referência ao momento em que Portugal irá novamente se reestabelecer e voltar aos tempos de apogeu, já o Quinto Império refaz a ideia de um império universal, cultural e captaneado pela influência de uma língua, e não pela ação bélica.
Na primeira seção, Os Símbolos, o autor reforça todo o misticismo ao redor da figura de d. Sebastião; Já em Os avisos, segunda seção, o autor apresenta os profetas do Quinto Império: Bandarra, o sapateiro autor de trovas messiânicas, Antônio Vieira, o orador máximo da cristandade, e um eu lírico que pode muito facilmente ser aproximado do próprio poeta; em Os Tempos, terceira seção, o autor mescla o misticismo com a esperança de um novo apogeu, na tentativa de resgatar Portugal do século XVI a partir da vinda de um novo d. Sebastião, dando-lhe uma segunda data, 1888, data esta de seu próprio nascimento.
