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Daniel, a situação da pergunta se enquadra em uma Transferência Externa. Esse é um caso em que cada Instituição de Ensino obedece regras próprias. O que você deve fazer é entrar em contato com a Instituição de destino para buscar um esclarecimento sobre a Transferência e a respeito do aproveitamento dos dois períodos que você já cursou em Portugal. Se possível, entre em contato com a faculdade pessoalmente, pois assim fica mais fácil entrar num entendimento que contemple ambas as partes.