A UniSant’Anna possui duas unidades na cidade de São Paulo: uma na Zona Norte (próximo da estação Portuguesa-Tietê do metrô) e outra na Zona Leste (dentro do Shopping Aricanduva). A sede da instituição, na Zona Norte, tem ampla estrutura de mais de 50 mil metros quadrados, com 160 salas de aula, biblioteca, cinco laboratórios de informática, laboratórios específicos para os cursos (como os de radiologia, motores aeronáuticos e estética corporal), além de estúdios para a área de comunicação.