Os dois campi da EBMSP ficam em Salvador, capital da Bahia. São conhecidos como campus Brotas e campus Cabula.
Contam com uma infraestrutura com laboratórios de ensino, de pesquisa e de informática, ambulatórios, auditórios, salas de videoconferência, bibliotecas, videotecas, áreas de convivência e um centro de convenções.