A sede da IMED fica em Passo Fundo, no Rio Grande do Sul. Nos últimos anos, a instituição ganhou outro campus no estado, na cidade de Porto Alegre.
Suas instalações dispõem de uma infraestrutura com segurança, conforto e acessibilidade. Conta com bibliotecas, clínicas-escola, laboratórios específicos, ambulatório, fazenda escola, editora, empresa júnior, núcleo de práticas jurídicas, escritório modelo, incubadora e centro de convivência.