A sede das Faculdades João Paulo II está localizada em Passo Fundo, a cerca de 290 km de Porto Alegre (RS). A instituição ainda conta com outras três unidades: uma em Pelotas, Porto Alegre e Rio Grande.
Sua infraestrutura dispõe de salas de aula, biblioteca com gabinetes para estudo individual e salas para estudo em grupo, laboratório de informática, laboratórios específicos e auditórios.