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Dheyvid, não ficou claro se você está se referindo às mensalidades de um curso ou de uma bolsa de estudos, pois um curso, geralmente, tem no mínimo 24 meses, a não ser que seja uma pós-graduação, mas você não especificou. Independente da situação, o que você precisa entender é que se a Instituição dá a opção de pagamento em 12 vezes, de maneira alguma você deixará de receber o certificado ao término do curso se o pagamento estiver em dia. Não, não existe taxa para a emissão do certificado, somente se você perdê-lo e precisar de uma segunda via.