A instituição de ensino abrange três campi em sua estrutura. O campus Jorge Amado, em Itabuna, o campus Sosígenes Costa, em Porto Seguro, e o campus Paulo Freire, em Teixeira de Freitas. De acordo com o MEC, a sede da UFSB está localizada na Rodovia Ilhéus-Vitória da Conquista, BR-415, km 39, Bairro Ferradas, em Itabuna-BA. CEP 45600-000.