Atualmente, a UFFS possui seis campi: Cerro Largo, Erechim e Passo Fundo, no Rio Grande do Sul; Chapecó em Santa Catarina; Laranjeiras do Sul e Realeza no Paraná. Eles estão localizados no Sudoeste paranaense, no Oeste catarinense e no Noroeste gaúcho.
Além das salas de aula, sua infraestrutura conta com laboratórios didáticos, restaurantes universitários, auditórios, cantinas, bibliotecas, hospital veterinário e áreas experimentais e de convivência.