A UFMT possui cerca de 30 departamentos (institutos e faculdades), distribuídos por cinco campi: Cuiabá (campus principal), Araguaia, Rondonópolis, Sinop e Várzea Grande. Também conta com o Hospital Universitário Júlio Müller, em Cuiabá.
Entre os destaques da estrutura oferecida pela universidade estão o conjunto de bibliotecas com mais de 400 mil volumes, dezenas de laboratórios específicos para os cursos, teatro com capacidade para mais de 500 pessoas, três museus, zoológico, herbário e biotério, restaurantes universitários, além de um conjunto esportivo com ginásio e parque aquático.
Vale destacar que a UFMT também possui moradia estudantil, que é destinada aos estudantes de baixa renda dos campi da UFMT em Cuiabá ou Rondonópolis e cujas famílias residam fora do município-sede da Universidade.
Endereços: Campus Cuiabá: Av. Fernando Corrêa da Costa, nº 2367, Bairro Boa Esperança - Cuiabá - MT Campus Araguaia: Unidade I - Pontal do Araguaia, Avenida Universitária, nº 3500, Pontal do Araguaia - MT Campus Araguaia: Unidade II - Barra do Garças, Avenida Valdon Varjão, nº 6390, Barra do Garças - MT Campus Sinop: Avenida Alexandre Ferronato, nº 1200, Bairro Residencial Cidade Jardim, Sinop - MT Campus Várzea Grande: Av. Fernando Corrêa da Costa, nº 2367, Bairro Boa Esperança - Cuiabá - MT