A sede da UFS fica em São Cristóvão, a cerca de 25 km de Aracaju (SE). A universidade conta ainda com mais cinco campi: nas cidades de Aracaju, Itabaiana, Laranjeiras, Lagarto e Nossa Senhora da Glória.
Em suas instalações, dispõe de salas de aula, laboratórios, auditórios e mini auditórios, restaurante universitário, bibliotecas, hospitais-escola, editora, rádio universitária e moradia estudantil.