A sede da UNDB está localizada na cidade de São Luís, capital do estado do Maranhão. Em sua infraestrutura, conta com salas de aula equipadas com tecnologia educacional de ponta, laboratórios especializados e amplo sistema de bibliotecas, com sala de estudos, equipamentos audiovisuais e terminais de consulta ao acervo com acesso à Internet. Possui ainda laboratórios de informática, teatro climatizado e com recursos multimídias (com capacidade para 300 pessoas) e um ginásio coberto, com capacidade para até 5 mil pessoas. Há também sala gamificada e uma aceleradora de startups.