A sede da Uneb fica em Salvador, na capital baiana. A universidade conta ainda com outros 23 campi, situados em importantes municípios baianos de porte médio e grande.
Suas unidades dispõem de uma infraestrutura com laboratórios específicos, bibliotecas, editora, agência de inovação, centros de pesquisa, clínicas de Psicologia, Odontologia e Ginecologia e serviços que envolvem as áreas de Enfermagem, Medicina, Fisioterapia e Nutrição.