A FACTO-UBEC possui dois campi em Palmas, capital do Tocantins.
Em sua sede, a instituição possui salas de aula, auditórios, biblioteca, com acervo físico e digital, laboratórios de informática, Núcleo de Práticas Contábeis, Núcleo de Atendimento Psicopedagógico, Empresa Júnior e Tribunal do Júri. Também conta com capela, cantina e área de convivência.
Na estrutura física da unidade II, há uma série de laboratórios: microbiologia, morfologia vegetal, anatomia animal, química e bioquímica, física e biofísica, fitopatologia, de sementes e de processamento agroindustrial.