A sede da Unifap está localizada em Macapá, capital do Amapá. Conta ainda com outras três unidades: Santana, Binacional e Mazagão.
Sua infraestrutura possui salas de aula, laboratórios específicos, laboratórios de informática, restaurante universitário, biblioteca, auditório, brinquedoteca, editora, rádio universitária, lanchonete, núcleo de práticas jurídicas e áreas de convivência.