A sede da Unifenas fica em Alfenas, sul de Minas Gerais. Possui ainda campi em outras cinco cidades mineiras: em Campo Belo, Divinópolis, Poços de Caldas, Varginha e Belo Horizonte.
Suas instalações possuem biblioteca, laboratórios específicos, clínicas de Odontologia, Fisioterapia, Psicologia e Fonoaudiologia, centro de tratamento de deformidades craniofaciais e lesões labiopalatais, Instituto de Olhos, núcleos de Assistência Jurídica e Judiciária, empresas juniores, hospital veterinário e fazendas experimentais. Dispõe também de núcleo de inovação tecnológica e rádio universitária.