A sede da Unisc está localizada na cidade de Santa Cruz do Sul, a cerca de 150 km de Porto Alegre (RS). A instituição também possui unidades em outras cidades do Rio Grande do Sul, como Sobradinho, Capão da Canoa, Venâncio Aires e Montenegro.
Além das salas de aula, conta com laboratórios específicos, biblioteca, laboratório de informática, auditórios, centro de convivência, hospital universitário, farmácia-escola, clínicas de fisioterapia, odontologia e de estética e cosmética, centro de línguas, núcleo acadêmico e de estágios, editora e complexo esportivo.