A sede da Univali está localizada em Itajaí (SC), cidade a cerca de 100 km de Florianópolis. A instituição conta ainda com outros oito campi em Santa Catarina: Camboriú, Piçarras, Biguaçu (unidades Jardim Carandaí e Centro), Florianópolis, São José (unidades Kobrasol e Sertão do Maruim) e Tijucas.
Somados, os campi têm 170 mil metros quadrados de área construída, nos quais se encontram quase 500 salas de aula, 11 bibliotecas, auditórios, 950 salas de apoio e laboratórios, além de ginásios, quadras poliesportivas e piscina.